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南方科技大学有通信工程，微电子科学与工程，光电信息科学与工程，信息工程，环境科学与工程，水文与水资源工程，生物科学，生物技术，生物信息学，金融学，金融工程等专业。
1、开设专业广泛
院系专业截至2019年3月，南方科技大学设置了18个院系中心，开设了29个本科专业。
2、师资力量雄厚
截至2018年5月，南方科技大学已签约引进教师约300人，其中90%以上拥有海外工作经验，60%以上具有在世界排名前100名大学工作或学习的经历。其中包括院士23人，万人计划入选者6人、教育部“长江学者”17人、“国家自然科学基金杰出青年基金”获得者15人、“国家优秀青年科学基金”获得者5人。
| 学院 | 专业 |
| 南方科技大学理学院 | 金融数学数学与应用数学统计学 |
| 物理学应用物理学 | |
| 化学 | |
| 地球物理学 | |
| 统计学 | |
| 南方科技大学工学院 | 通信工程微电子科学与工程光电信息科学与工程信息工程 |
| 材料科学与工程 | |
| 海洋科学 | |
| 环境科学与工程水文与水资源工程 | |
| 理论与应用力学航空航天工程 | |
| 机械工程机器人工程 | |
| 计算机科学与技术智能科学与技术 | |
| 生物医学工程 | |
| 南方科技大学生命与健康科学学院 | 生物科学生物技术生物信息学 |
| 南方科技大学商学院 | 金融学金融工程 |
| 南方科技大学医学院 | 临床医学生物医学科学 |
| 南方科技大学创新创业学院 | — |
| 南方科技大学人文社会科学学院 | — |
| 南方科技大学深港微电子学院（国家示范性微电子学院） | 微电子科学与工程 |
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